En base a la estructura PICOt (Population Intervention Comparator Outcome Time or Type of study) se generó una estrategia de búsqueda con términos MeSH y términos libres, detallados en el material adicional. Entre los términos MeSH se incluyeron subheadings relacionados con: terapia farmacológica «drug therapy», efectos de los medicamentos «drug effects», terapia «therapy», uso terapéutico «therapeutic use» y fisiopatología «physiopathology».

Una de las investigadoras del estudio (NF) propuso una estrategia que fue supervisada por otra investigadora (LC). En base a esta se realizó una búsqueda sistemática de la literatura en las bases de datos de Medline (vía PubMed), Embase y Cochrane Library sin fecha límite de inicio y hasta el 18 de febrero de 2024 (material adicional). La única restricción que se aplicó fue limitar la búsqueda a estudios en humanos. Los artículos escritos en un idioma diferente del inglés fueron incluidos y traducidos.

Los criterios de inclusión fueron: estudios que analizaran la composición de la MH en muestras biológicas (1) de pacientes con ERAS, con la excepción de las espondiloartritis por existir información que ya ha sido extensamente revisada11, (2) y la compararan en base al tratamiento IS empleado o a la respuesta al mismo (3). No se establecieron límites respecto al estadio de la enfermedad, ubicación geográfica o fecha de publicación de los estudios. Se revisaron los títulos y resúmenes de los trabajos identificados. En el caso de las comunicaciones orales se realizó una búsqueda de ampliación posterior a su publicación, conservando la más reciente. Los criterios de exclusión fueron los siguientes: revisiones, guías o editoriales; estudios en animales, in vitro o ex vivo; estudios sobre ERAS en edad infanto-juvenil; estudios que solo incluyeran pacientes con espondiloartritis.

Los resultados obtenidos se transfirieron a la herramienta informática Rayyan®, y tras eliminar los estudios duplicados, dos investigadoras (PS, NF) de forma independiente realizaron el cribado por títulos y resúmenes eliminando aquellos trabajos que no cumplían los criterios de inclusión y que presentaban algún criterio de exclusión. Para los trabajos que suscitaron dudas se recurrió a extraer el texto completo para valorar de forma más exhaustiva su inclusión. Los estudios en los que existía discordancia sobre su selección se revisaron conjuntamente y con ayuda de una tercera investigadora (LC).

Posteriormente, se recopilaron los textos completos de todos los estudios seleccionados y fueron evaluados manualmente por una de las investigadoras (NF) para confirmar su inclusión o exclusión final, confirmando las dudas con las otras investigadoras. En esta fase sí se anotaron los motivos de exclusión.

La extracción de datos fue realizada por una revisora (NF) apoyándose en la herramienta ELICIT®, asistente de investigación impulsado por inteligencia artificial.

Los datos recopilados, en tablas de Excel®, incluyeron 1) información de la publicación: título, primer autor, año de publicación, formato, idioma, citación y doi (digital object identifier); 2) características generales del estudio: objetivo y diseño, tipo de enfermedad autoinmune estudiada, criterios clasificatorios y tratamiento IS administrado al paciente, tipo de muestra biológica recogida para estudio, criterios de selección de pacientes, duración del estudio, tamaño muestral, número de pacientes, edad media, género y datos demográficos; 3) métodos y resultados de los estudios: técnicas de análisis y estudio de muestras y resultados, asociación de medidas resultado a las variables de estudio de la microbiota (riqueza, estructura y composición) de un nicho en diferentes tiempos y en diferentes individuos en relación con el tratamiento IS; medidas de asociación empleadas y su p-valor correspondiente, así como otros hallazgos relevantes de los estudios documentados en formato de texto libre. Los factores pronóstico relacionados con la microbiota se categorizaron en parámetros de alfa-diversidad, beta-diversidad, abundancia y composición taxonómica12 (tabla 1).

En relación con las características y resultados del estudio para las cuales no se disponía de información, tras verificación en el material adicional, se dejaron en blanco, excepto la ubicación geográfica que se asumió la del centro de trabajo del primer autor.

Posteriormente, se realizó un análisis y evaluación cualitativa de la heterogeneidad de los estudios en función del diseño, metodología y análisis, enfermedad y subgrupos, medidas y resultados, y calidad de los estudios.

La calidad metodológica de los estudios incluidos fue evaluada por un revisora (NF), con resolución de dudas por otra (LC) mediante la escala de Newcastle-Ottawa (NOS). Para mantener la uniformidad en la valoración de los riesgos de sesgos de los estudios, se aplicó la NOS a todos ellos, incluido un ensayo clínico aleatorizado (ECA) controlado.

Debido al número limitado de estudios comparables por enfermedad, diseño metodológico y medidas resultado no se evaluó el sesgo de publicación.

De los 15 estudios incluidos, 13 tomaron muestras fecales; en 2 de ellos se incorporaron además muestras de saliva y placa dental. Los 2 estudios restantes emplearon muestras de plasma y exudado oral. La escasa representación de muestras procedentes de la cavidad oral y otros tipos de muestras limita su análisis comparativo. En consecuencia, el análisis posterior se centrará en las muestras fecales de los 13 estudios.

La mayoría de estos trabajos reclutaron pacientes con AR de reciente inicio y/o naïve a FAME17–21. Ocho estudios eran observacionales, prospectivos (7) y retrospectivo (1), un ECA, aportando datos más robustos; los 3 estudios restantes eran transversales. Todos los estudios analizan la interacción de la MI con FAMEc, y específicamente el MTX en 6 de estos trabajos.

Siete, de los 13 estudios, analizaron de forma directa exclusivamente la interacción de la terapia IS con la MI, 2 estudios midieron los cambios en la MI en función de la variación de la actividad clínica de los pacientes en tratamiento pudiendo inferirse la relación de la MI con la terapia IS, y 4 estudios emplearon medidas resultado directas e indirectas.

La medida de asociación más empleada para medir alfa-diversidad fue el índice de Shannon, seguida del índice de Simpson y el índice de Chao. De los 9 estudios con datos disponibles de alfa-diversidad, el 89% presentaron datos estadísticamente significativos, 5 de forma directa y 3 indirectamente.

La mayoría de los trabajos utilizan la Distancia Bray-Curtis para medir beta-diversidad, algún estudio recurrió a la Distancia UniFrac y OTU (operational taxonomic unit). De los 9 estudios con datos disponibles de beta-diversidad, el 78% presentaron datos estadísticamente significativos, 6 de forma directa y uno de forma indirecta.

Todos los estudios analizaron los cambios de abundancia con diferentes medidas, siendo los resultados estadísticamente significativos en los 9 estudios que lo definieron, 7 de forma directa y uno de forma indirecta. Varios estudios coinciden en la existencia de un perfil basal de MI que podría predecir la respuesta al tratamiento. En pacientes respondedores al tratamiento, Prevotella, Bacteriodetes, Clostridiales son las especies que muestran una tendencia a disminuir en varios de los estudios. Un estudio analiza la ratio Firmicutes/Bacteriodetes y otro estudio compara 2 poblaciones de pacientes con AR en función de predominio de Prevotella o Bacteroides.

En los estudios de de Marazzato et al.17 y Úbeda et al.18 los pacientes iniciaron tratamiento con MTX con o sin CS describiendo un descenso en la diversidad y composición de la MI a los 3 meses de iniciar el tratamiento IS17 y pequeños cambios en la diversidad de la MI, concluyendo que las características de la MI predicen la respuesta clínica a MTX, incluido el sobrecrecimiento de Coriobacteriaceae no clasificada y Coprococcus emparentada18.

Los resultados de Isaac et al.19 también revelan menor diversidad, tanto alfa como beta, en los pacientes que responden al tratamiento con MTX.

En el trabajo de Danckert et al.20 de 2024, tomando muestra de heces en tres tiempos, basal, tras 6 semanas y tras 12 semanas del inicio de FAMEc se encontraron cambios en la microbiota del paciente que presenta una mejoría clínica tras el inicio de FAMEc y una reducción de la abundancia relativa de microorganismos predominantes en la microbiota de pacientes con AR, Prevotella spp. a las 6 semanas y Streptococcus spp. a las 12 semanas. Estos hallazgos sugieren que el tratamiento con FAME restaura la MI hacia un estado eubiótico y que, por tanto, las características de biodiversidad de la MI podrían emplearse para predecir la probabilidad de respuesta a FAME.

Artacho et al.21 evaluaron la respuesta clínica a MTX a las 16 semanas de tratamiento, demostrando diferencias significativas en la diversidad y composición de la MI basal entre pacientes respondedores y no respondedores. Sus hallazgos sugieren que la MI puede intervenir en el metabolismo del MTX, modulando su biodisponibilidad y eficacia terapéutica. En base a estos resultados, los autores plantearon el desarrollo de un modelo basado en la predicción de falta de respuesta a MTX en función de los parámetros de diversidad de la MI.

El trabajo publicado en 2023 por Koh et al.22 clasifica a los pacientes en función de la actividad de su enfermedad en moderada y alta según el Disease Activity Score 28 (DAS28), y el tratamiento que reciben, FAMEc o FAMEb, con reevaluación del DAS28 a los 6 meses. Se estudian las diferencias en la diversidad de la MI en función del tipo de tratamiento IS en monoterapia o combinado. No identifican diferencias en la diversidad de la MI en función del IS administrado, salvo con la sulfasalazina (SSZ) que reduce la riqueza y uniformidad de la MI de forma significativa. Al evaluar la composición taxonómica en función de la respuesta a FAMEc, en los pacientes respondedores aumenta Fusicatenibacter, Subdoligranulum y Clostridia género no cultivado 014; y disminuye Faecalitalea. Y la combinación de Fusicatenibacter y Subdoligranulum distingue respondedores de no respondedores a una segunda línea de tratamiento.

El trabajo retrospectivo de Gupta et al.23 analiza la terapia con FAMEc, FAMEb y CS, en el que la diversidad de la MI se asocia a la actividad de la enfermedad y la composición microbiana al tratamiento con FAMEc.

El único ECA registrado, de Mei et al.14, compara los efectos del tratamiento con MTX+MTC (fórmula Huayu-Qiangshen-Tongbi) frente a MTX+leflunomida (LFM) en la MI. Ambos tratamientos reducen diferentes índices clínicos de actividad (número de articulaciones dolorosas, número de articulaciones tumefactas y rigidez matutina) en 3 meses en el caso de la MTC y en 6 meses en el caso de la LFM. Sin embargo, la diversidad microbiana no difiere significativamente con el tiempo, salvo la diversidad beta, que aumenta en los pacientes tratados con LFM al comparar al mes y a los 6 meses de iniciar el tratamiento. Respecto a la abundancia relativa de especies, no se producen cambios importantes a lo largo del tiempo en pacientes tratados con LFM, mientras que en el grupo tratado con MTC sí. Aun así, Prevotella spp., microorganismo predominante en pacientes con AR, no presenta grandes diferencias entre ambos grupos.

Zhang et al.13 comparan la abundancia relativa de varios nichos de la microbiota oral y MI. Se observa disbiosis de ambas microbiotas en pacientes con AR al compararlos con controles sanos, pero se recupera parcialmente al iniciar tratamiento IS. Además, entre ambas microbiotas existen cambios concordantes asociados a la AR, que sugiere un solapamiento en abundancia y función de las especies en diferentes localizaciones corporales. El tratamiento con MTC, concretamente glucósidos del componente Tripterygium wilfordii, reduce en mayor medida el número de MLGs (metagenomic linked groups) enriquecidas en el intestino, H. filiformis y Bacteroides spp., frente al tratamiento de MTX o MTX+MTC.

Respecto a los estudios realizados en pacientes con LES, 2 de ellos analizaron muestras fecales y uno enjuague bucal. Dos de los estudios disponían de un diseño transversal y el tercero prospectivo. Los estudios con MI determinaron la diversidad alfa y beta, así como la abundancia relativa, utilizando las mismas medidas para diversidad alfa (índice Shannon) y beta (Distancia UniFrac no ponderado y su respectiva medida de expresión PCoA)24,25. Los resultados de Guo et al.24 muestran una mayor diversidad alfa en los pacientes sin tratamiento corticoideo, mientras que Li et al.25 no encuentran relación entre el tratamiento IS y la diversidad microbiana, en parte justificado por el escaso número de pacientes reclutados sin tratamiento IS.

El trabajo de Guo et al.24 destaca la variación en la proporción de Bacteroidetes/Firmicutes en función del tratamiento con/sin CS, restaurándose la población Firmicutes al administrarse CS. Estos resultados sugieren que el ratio Firmicutes/Bacteroidetes pudiera utilizarse como biomarcador diagnóstico y de respuesta a tratamiento. En el análisis de la composición taxonómica de Gou et al. se reconocen algunos taxones diferencialmente abundantes en cada uno de los grupos. En los pacientes con LES en tratamiento con CS, existe un aumento de Bifidobacterium, Streptococcus, y disminución de Enterobacteriales; y en el grupo de LES sin tratamiento con CS se produce un aumento de Bacteroidetes y Bilophila.

En el trabajo de De Araújo et al.16, se procesan las muestras de enjuague bucal mediante cultivo en placa, pudiendo generar una infraestimación de la diversidad y abundancia de la microbiota, así como limitando su comparación con los otros estudios. Sus resultados no revelan diferencias significativas en función del tratamiento IS.

El estudio observacional transversal de Tan et al.26 en pacientes con ES no genera resultados significativos, pero se infiere una tendencia a la disminución de la diversidad alfa en los pacientes en tratamiento IS alejándose del perfil del paciente sin tratamiento y acercándose al de control sano.

Wang et al.27 reclutan pacientes con SSp y recogen muestras de heces, saliva y exudado vaginal. Se registra un aumento en la riqueza de la microbiota en los 3 nichos a los 3 y 6 meses de iniciar el tratamiento, pero solo a nivel intestinal se sostiene dicho aumento a los 6 y 12 meses. La composición general de la microbiota en las 3 localizaciones presenta un cambio significativo desde el inicio del tratamiento, que se mantiene en la MI y oral, pero siempre diferente a los controles sanos. Ciertos filos presentan cambios significativos en la abundancia relativa; destaca Fusobacteria en la que inicialmente aumenta para después disminuir.